手，部队长的作战命令必须经参谋长副署才能生效，参谋长的地位无疑从法规的角度得到了提升和保障。但这多数是一纸空文，国军直到战败逃台为止，这一体制基本没能贯彻落实。

张汉卿决定提前实施变革。在卫队旅时期，他已经把作战、侦察等业务都放在参谋部下，并把参谋长提升到部队首长的地位。因为卫队旅军令条例规定，由旅长、旅参谋长、旅政治部主任集中决定军队重大事务。其后升级到卫队师及扩充了第一师，这个条例也被沿袭下去。

张作霖担任东三省巡阅使后，手下督军、师长一大把，如何有效控制膨胀的军队立刻成为攸关生死的大问题。完掌握每支部队，精力完不够用；但失去控制的督军和师长们极易在自己的地盘里尾大不掉，权力控制不能靠忠诚。张作霖自己是军阀出身，却不想再在手底冒出新军阀来。

这时候，张汉卿的这个参谋长制度就很有效地限制了各省督军的权力，因为督军的军事命令需要督军署参谋长的副署。各督军署参谋长是由张作霖一手任命的，在业务上受巡阅使署总参谋长直接指挥…同样，各师的师长及混成旅的旅长也受到同级的参谋长的制约，而这些参谋长亦在业务上向督军署参谋长报告…约束多了，起乱心思的想法也就少了。

《奉军建军纲要》的另一项成就，是提升了军纪。

在民国史上，以军纪来讲，国民党的党军最好，冯玉祥的陕军其次，吴佩孚的直军也不错，就数奉军的纪律为最差（当然，张学良、郭松龄带的军队算是例外）。所以从战斗力上讲，直奉两次大战，人数、装备都占优的奉系都落在下风并不意外（当然，正史上的第二次直奉战争吴佩孚输在冯玉祥的背后一枪，否则奉军能不能胜还要两说）。

张作霖就本人来说还是很希望军队有军队的样子的，他也极力反对扰民，但是由于奉军上层、中下级军官的主要来源是马匪，兵员的素质也参差不齐，要达到理想化的“文明之师”基本无望。可是有张汉卿在，一切就都不同了。卫队师和第一师搞的“三项纪律八项注意”反馈相当不错，实践中为内外所褒扬。

张作霖内举不避亲，命令军执行。从这些条例的普及起，奉军官兵知道了自己是东北人民的军队，保家卫国是军人的职责。既初步解决了军人们“为谁打仗”的疑问，也竖立了军人在社会上的正面形象，军人士气上来了，战斗力自然不会差。

对卫队师和第一师的控制是张汉卿的禁脔，当然开始进行成熟的修订，从上到下开始讲述军人无条件服从于政治的原则----这条后来演变为“坚持党对军队的绝对领导”，后来张汉卿更简化为“坚持党指挥枪，而不是枪指挥党”。

是时候给军队正名了。有了统一的编制，不能让各部队五花八门地各自为政，也需要在军树立起一个统帅的认知，张作霖接受张汉卿的提议，整合东三省的军队，称之为奉军。

没有省防军之分、没有保安军之分、没有护路军之分，大家都是奉军。

自然，张作霖是当之无愧的奉军总司令。在司令部下辖一长八处，即总参谋长和秘书、参谋、副官、政务、教育、军械、军医、军法八处。完善“军令”与“训令”制度，部奉军受张作霖节制。吴俊升、孙烈臣为副司令，张作相为总参谋长，张汉卿为副总参谋长兼参谋处长。为了减少军令分歧及人员混乱，巡阅使署与奉军总司令部实行两套班子一套人马。

吴俊升先后在剿灭巴匪、胡子之战中尽心尽力，且为张汉卿背过黑锅，也曾经为张作霖得到黑龙江作出了汗马功劳，又对张作霖、张汉卿的调令言听计从。由于之前种种及这两“黑”的功劳，作为老奉系（27师、28师、29师三大王牌师）的奠基人之一的角色，他被任命为奉军的副总司令是得到上下首恳的，这也奠定了吴俊升在奉系元老地位。