伦伯勒齐尔会盟，但未能解决矛盾。1687年，土谢图汗察珲多尔济领兵突袭札萨克图汗部，导致局势进一步恶化。1688年，噶尔丹以此为契机，率领三万大军越过杭爱山，进攻喀尔喀蒙古游牧地区。起初，噶尔丹取得了胜利，击败了土谢图汗和车臣汗，迫使喀尔喀蒙古诸部举部内迁，造成了极大的混乱。

然而，正当噶尔丹在东线扩张之际，准噶尔内部却发生了分裂。噶尔丹与亲信奈冲鄂木布合谋，试图毒杀索诺木阿拉布坦，并谋杀策妄阿拉布坦未果，后者开始逃亡。1688年末，噶尔丹率兵追击策妄阿拉布坦，在乌兰乌苏被策妄阿拉布坦全歼。这一事件导致噶尔丹兵力锐减，失去了根据地，他随即进入漠南蒙古，劫掠驼马牛羊以图恢复实力。

1690年，在沙俄的支持下，噶尔丹集兵三万，扬言要联合俄国军队进攻喀尔喀蒙古。康熙帝命令理藩院尚书阿喇尼备边，调集军队进行防御。六月，噶尔丹进入乌尔会河以东地区，与阿喇尼的军队遭遇并取得胜利。七月，噶尔丹在乌珠穆沁的乌尔会河之战中击败了常宁的军队。随后，噶尔丹率军屯兵于乌兰布通。八月，清军在福全的带领下向乌兰布通发起进攻，经过三天的激烈战斗，最终大败噶尔丹。噶尔丹率余部逃脱。

1691年，噶尔丹试图重新组织力量，并派遣使者到西伯利亚叶尼塞河流域的图巴河沿岸图巴族聚居区活动，寻求支持。

1692年，噶尔丹多次致书康熙帝，要求将喀尔喀七旗蒙古牧民发还给他统治，但均遭到拒绝。

1695年，噶尔丹再次试图发动进攻，但被康熙帝预先得知，采取了应对措施。1696年，康熙帝亲自指挥三路清军，约定夹攻噶尔丹。五月，清军西路军在大将军费扬古的率领下，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹，几乎全歼其主力，噶尔丹仅率数十骑逃亡。

昭莫多之战后，噶尔丹的处境变得十分艰难。他的部众四散逃亡，伊犁河流域已被策妄阿拉布坦控制，土尔扈特汗国的阿玉奇汗与策妄阿拉布坦结成反噶尔丹联盟，沙皇俄国也拒绝接纳他，回部、青海、哈萨克等地也与他断绝了联系。清朝还封锁了通往青海和西藏的道路，使得噶尔丹处于孤立无援的状态。

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六、兵 败 病 亡

1696年，噶尔丹的势力已经大大削弱，面临着前所未有的困境。这一年的十月十二日，噶尔丹派遣寨桑格垒沽英出使清朝，试图诈降以争取时间。然而，康熙帝坚信噶尔丹真心想要投降，因此在十二月二日（12月25日）遣回格垒沽英，并限令噶尔丹在70天内亲自前来投降，否则将亲自率军讨伐，绝不中途停止。

不久之后，噶尔丹的儿子塞卜腾巴尔珠尔在哈密被捕的消息传到了北京，这进一步证实了噶尔丹的困境。1697年上元节期间，康熙帝根据这一情报判断噶尔丹可能也将有所行动，因此决定第三次亲征，抵达宁夏地区准备应对。

1697年三月初，噶尔丹流窜到阿察阿木塔台地方，当时跟随他的亲信仅有阿拉尔拜、讷颜格隆两人，其余随从不超过百人，而且大多缺乏物资，生活极为困苦，只能捕猎野兽为食，有时甚至不得不宰杀自己的马匹和骆驼来充饥。康熙帝派遣两名准噶尔人前往劝降，但被噶尔丹拒绝。

1697年闰三月十三日（4月4日），噶尔丹在科布多地区的布颜图河边的阿察阿木塔台地方病逝。在他去世后，随从丹济拉等人火化了他的遗体，并携带骨灰与噶尔丹的女儿钟察海准备向清朝投降。然而，在途中遭到了策妄阿拉布坦派遣的堪都等人的追击，噶尔丹的骨灰、女儿钟察海以及一些重要人物如诺颜噶隆、伊拉古克三呼图克图等均落入策妄阿拉布坦手中。

丹济拉和他的部落成员失散后