1645年（清顺治二年，弘光元年）七月，郑芝龙和他的弟弟郑鸿逵在福州拥立唐王朱聿键称帝，改元“隆武”。与此同时，鲁王朱以海也在绍兴宣布监国，改元为“鲁监国元年”。虽然隆武政权和鲁监国政权都宣称要恢复明朝的统治，但由于各自的利益和立场不同，它们之间存在着诸多矛盾和冲突。

隆武帝对郑成功表现出了极大的赏识，他曾表示遗憾没有女儿可以许配给郑成功，并说道：“惜无一女配卿，卿当忠吾家，勿相忘也！”为了表彰郑成功的忠诚和才能，隆武帝赐给了他明朝皇室的姓氏“朱”，并将他的名字改为“成功”。从此，郑森改名为朱成功，被尊称为“国姓爷”。

1646年起，郑成功开始带领军队参与与清军的战斗。他多次奉命在福建、江西一带与清军作战，并且在这一过程中表现出色，赢得了隆武帝的信任。然而，掌握着更大权力的郑芝龙却无意全力抵抗清军。当清军南下福建时，郑芝龙命令守将施福将军队撤回福州，这使得清军能够轻易地进入闽北。

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在清朝大学士洪承畴的利诱下，郑芝龙决定投降清朝。洪承畴承诺给予郑芝龙三省王爵的地位，这让郑芝龙不顾郑成功和郑鸿逵等人的反对，决定带着其他几个儿子向清朝投降。然而，清军并未遵守诺言，反而挟持了郑芝龙和他的儿子们前往北京，并出兵攻打郑家的故乡——福建南安。

郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居。不幸的是，在清军进攻南安的过程中，田川氏遭遇了不幸，在战乱中自尽身亡。这一悲剧性的事件让郑成功更加坚定了抗清的决心。于是，他率领父亲的部分旧部在中国东南沿海地区继续抗清，成为了南明后期重要的军事力量之一。

1646年八月，清军相继攻克了浦城、霞浦等地。隆武帝在逃往江西的过程中被清军俘虏，最终绝食而死。随着隆武帝的去世，南明的帝系由桂王朱由榔继承，改元为“永历”。

四、拒降抗清

在隆武政权灭亡后，郑成功面临着巨大的挑战。为了继续抗清事业，他不得不重新组织力量。1647年（清顺治四年，永历元年）一月，郑成功在小金门（今金门县烈屿乡）以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”的名义誓师反清，开始在沿海各地招募士兵，收编父亲郑芝龙的旧部，并在南澳募集了数千兵力。

同年七月，郑成功联合郑彩部队攻打海澄，但最终失败。八月，他又与弟弟郑鸿逵的部队合围泉州府城，但清军漳州副将王进率军前来增援，郑军不敌而退。

1648年（清顺治五年，永历二年），南明浙江巡抚卢若腾等人归附郑成功，为郑军带来了一定的助力。这一年五月，郑成功再次出击，成功攻克同安县。随后，郑军围攻泉州，但不久后清朝靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦、福建提督赵国祚等率军反击同安，郑军损失惨重，被迫撤退。清军随后抵达泉州，郑成功无奈之下解除泉州之围，退回到了海上。

同一时期，反清势力在各地兴起，如江西的金声桓、王得仁以及广东的李成栋等人纷纷起兵。然而，这些反清势力之间缺乏协调，最终未能形成统一的力量。清军很快镇压了江西的金声桓、王得仁，广东的李成栋也在次年（1649年）灭亡。

1649年（清顺治六年，永历三年），郑成功正式改用永历年号，永历帝册封他为“延平王”，人们也开始称呼他为“郑延平”。面对军队庞大但领土有限的情况，郑成功决定采取行动解决粮饷问题。

同年十月，郑成功率领军队南下，意图打击闽南地区的清军并收服各地的城寨以获得粮食补给。经过一个多月的努力，郑军攻占了漳浦、云霄等地，并平定了达濠、霞美等寨。然而，诏安的攻取并未成功，郑成功决定转战粤东，经分水关到